L'ENP a des interactions étroites avec les établissements dont dépendent ses équipes :

- Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP),
- Collège de France
- École normale supérieure
- Institut Pasteur de Paris
- Université Paris Descartes
- Fondation Voir et Entendre.

L'ENP coopère avec le DIM "NeRF" de la Région île-de-France, pour l'appel à projets NeRF, et à une collaboration avec le CRICM (Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle Epinière) et la Faculté de Médecine de l'Université d'Okayama.


L'ENP a des contacts privilégiés avec la Société Key-Obs pour un service de phénotypage comportemental de souris. La Société  Key-Obs offre pour les équipes affiliées  à l'ENP un accès facilité à ce service de phénotypage. Télécharger l'offre réservée aux membres de l'ENP (pdf)